2019-nCov-ORF1ab/RdRP Pseudovirus Standard Reference
CBV30001
| I. 背景 | |
|
2019-nCov作為一種新型冠狀病毒，是一類具有囊膜、基因組為線性單股正鏈的RNA病毒，該病毒采集自不同地區(qū)患者的病毒樣本相關(guān)序列也已發(fā)布至2019新型冠狀病毒信息庫（https://bigd.big.ac.cn/ncov）。NCBI收錄序列為NC_045512.2，全長29903bp，基因編碼4個(gè)結(jié)構(gòu)蛋白：S，M，N和E。 為了滿足臨床診斷的需要，截止目前，國家已經(jīng)緊急批準(zhǔn)了幾款核酸診斷試劑盒上市，用于臨床診斷，其中多數(shù)都是采用RT-PCR的方法，多日的臨床檢測結(jié)果顯示，該診斷存在高比例的假陰性問題，往往需要多次的檢測，才能被最終驗(yàn)證，同時(shí)科技部也是應(yīng)急征集除普通實(shí)時(shí)定量熒光PCR外快速診斷產(chǎn)品，理論上ddPCR、NGS、三代測序都能更好的檢測病毒，同時(shí)監(jiān)控病毒的變異。 不管是哪一類產(chǎn)品，試劑盒的檢測限問題，是造成假陰性的最大根源，因此針對診斷產(chǎn)品的檢測限，我們需要認(rèn)真做每款試劑盒的性能評價(jià)。以往針對檢測限的性能評價(jià)，一般是選擇體外轉(zhuǎn)錄的RNA、或者臨床陽性病毒來作為標(biāo)準(zhǔn)品，用于性能評價(jià)。但是兩者都具有很明顯的確定，首先體外轉(zhuǎn)錄的RNA，一般是很純，單一，不涉及提取，不符合臨床病毒的微環(huán)境，因此必然造成檢測靈敏度被高估，這也是存在高概率假陰性的主要原因；再次臨床陽性病毒，即使是滅活的病毒，也是存在很大的生物安全隱患，因此要求實(shí)驗(yàn)室級(jí)別為P3-P4，大部分開發(fā)診斷試劑盒單位都不滿足改要求，另外臨床陽性病毒也是來源很有限，不能被穩(wěn)定供應(yīng)，反復(fù)用于試劑盒的性能評價(jià)。 |
|
| II.產(chǎn)品描述 | |
|
有病毒的完整包膜結(jié)構(gòu)，有2019-nCov對應(yīng)的核酸序列，但是生物安全風(fēng)險(xiǎn)較低的假病毒標(biāo)準(zhǔn)品，完美的克服了選擇體外轉(zhuǎn)錄的RNA、或者臨床陽性病毒來作為標(biāo)準(zhǔn)品的缺點(diǎn)，非常適合用于核酸診斷新型冠狀病毒2019-nCov。 構(gòu)建過程：2019-nCov基因合成→假病毒包裝→純化→QC檢測（ddPCR） |
|
| III. 產(chǎn)品介紹 | |
| 產(chǎn)品名稱: | 2019-nCov-ORF1ab/RdRP Pseudovirus Standard Reference |
| 對應(yīng)序列（詳情見附錄）: |
ORF1ab/RdRP（2995bp） |
| 產(chǎn)品規(guī)格: | 1ml |
| 拷貝數(shù): | |
| 生物安全級(jí)別: | P2 |
| 運(yùn)輸與保存方式: | 干冰運(yùn)輸，-90 ~ -70°C保存 |
| IV. 產(chǎn)品用途與優(yōu)勢 | |
| 產(chǎn)品用途: | 2019-nCov核酸診斷試劑盒性能評價(jià) |
| 產(chǎn)品優(yōu)勢: | • 2019-nCov的假病毒標(biāo)準(zhǔn)品，區(qū)別于以往體外合成的RNA、臨床陽性活病毒，完美克服兩者的缺點(diǎn)，真正適合用于試劑盒的性能評價(jià)，包含檢測限、特異性，重復(fù)性等；
• 根據(jù)新型冠狀病毒的特點(diǎn)，選取了ORF1ab/RdRP（RNA-dependent RNA polymerase）、Gene E(envelope protein)、Gene N(nucleocapsid phosphoprotein)、Gene S、Gene M 5個(gè)區(qū)段的序列，用于假病毒的包裝，5個(gè)區(qū)段很好的表征了2019-nCov的特征序列； • 科佰生物設(shè)計(jì)了ddPCR體系的引物、探針序列，可不需要構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)曲線的前提下完成對假病毒的QC拷貝數(shù)檢測，非常準(zhǔn)確表征標(biāo)準(zhǔn)品的拷貝數(shù)，而且克服了Q-PCR分析CT值的相對判斷標(biāo)準(zhǔn)的不準(zhǔn)確性； • 假病毒標(biāo)準(zhǔn)品，無致病性，可再生，質(zhì)控方法可靠，批次間穩(wěn)定，可以長期穩(wěn)定制備和供應(yīng)，而且要求實(shí)驗(yàn)室生物安全級(jí)別為P2，滿足很多單位的安全需求。 |
| Ⅴ. 附錄 | |
|
ORF1ab/RdRP: GTTGTCTGTACTGCCGTTGCCACATAGATCATCCAAATCCTAAAGGATTTTGTGACTTAAAAGGTAAGTATGTACAAATACCTACAACTTGTGCTAATGACCCTGTGGGTTTTACACTTAAAA ACACAGTCTGTACCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGGCTGTAGTTGTGATCAACTCCGCGAACCCATGCTTCAGTCAGCTGATGCACAATCGTTTTTAAACGGGTTTGCGGTGTAAGTGC AGCCCGTCTTACACCGTGCGGCACAGGCACTAGTACTGATGTCGTATACAGGGCTTTTGACATCTACAATGATAAAGTAGCTGGTTTTGCTAAATTCCTAAAAACTAATTGTTGTCGCTTCCA AGAAAAGGACGAAGATGACAATTTAATTGATTCTTACTTTGTAGTTAAGAGACACACTTTCTCTAACTACCAACATGAAGAAACAATTTATAATTTACTTAAGGATTGTCCAGCTGTTGCTAA ACATGACTTCTTTAAGTTTAGAATAGACGGTGACATGGTACCACATATATCACGTCAACGTCTTACTAAATACACAATGGCAGACCTCGTCTATGCTTTAAGGCATTTTGATGAAGGTAATTG TGACACATTAAAAGAAATACTTGTCACATACAATTGTTGTGATGATGATTATTTCAATAAAAAGGACTGGTATGATTTTGTAGAAAACCCAGATATATTACGCGTATACGCCAACTTAGGTGA ACGTGTACGCCAAGCTTTGTTAAAAACAGTACAATTCTGTGATGCCATGCGAAATGCTGGTATTGTTGGTGTACTGACATTAGATAATCAAGATCTCAATGGTAACTGGTATGATTTCGGTGA TTTCATACAAACCACGCCAGGTAGTGGAGTTCCTGTTGTAGATTCTTATTATTCATTGTTAATGCCTATATTAACCTTGACCAGGGCTTTAACTGCAGAGTCACATGTTGACACTGACTTAAC AAAGCCTTACATTAAGTGGGATTTGTTAAAATATGACTTCACGGAAGAGAGGTTAAAACTCTTTGACCGTTATTTTAAATATTGGGATCAGACATACCACCCAAATTGTGTTAACTGTTTGGA TGACAGATGCATTCTGCATTGTGCAAACTTTAATGTTTTATTCTCTACAGTGTTCCCACCTACAAGTTTTGGACCACTAGTGAGAAAAATATTTGTTGATGGTGTTCCATTTGTAGTTTCAAC TGGATACCACTTCAGAGAGCTAGGTGTTGTACATAATCAGGATGTAAACTTACATAGCTCTAGACTTAGTTTTAAGGAATTACTTGTGTATGCTGCTGACCCTGCTATGCACGCTGCTTCTGG TAATCTATTACTAGATAAACGCACTACGTGCTTTTCAGTAGCTGCACTTACTAACAATGTTGCTTTTCAAACTGTCAAACCCGGTAATTTTAACAAAGACTTCTATGACTTTGCTGTGTCTAA GGGTTTCTTTAAGGAAGGAAGTTCTGTTGAATTAAAACACTTCTTCTTTGCTCAGGATGGTAATGCTGCTATCAGCGATTATGACTACTATCGTTATAATCTACCAACAATGTGTGATATCAG ACAACTACTATTTGTAGTTGAAGTTGTTGATAAGTACTTTGATTGTTACGATGGTGGCTGTATTAATGCTAACCAAGTCATCGTCAACAACCTAGACAAATCAGCTGGTTTTCCATTTAATAA ATGGGGTAAGGCTAGACTTTATTATGATTCAATGAGTTATGAGGATCAAGATGCACTTTTCGCATATACAAAACGTAATGTCATCCCTACTATAACTCAAATGAATCTTAAGTATGCCATTAG TGCAAAGAATAGAGCTCGCACCGTAGCTGGTGTCTCTATCTGTAGTACTATGACCAATAGACAGTTTCATCAAAAATTATTGAAATCAATAGCCGCCACTAGAGGAGCTACTGTAGTAATTGG AACAAGCAAATTCTATGGTGGTTGGCACAACATGTTAAAAACTGTTTATAGTGATGTAGAAAACCCTCACCTTATGGGTTGGGATTATCCTAAATGTGATAGAGCCATGCCTAACATGCTTAG AATTATGGCCTCACTTGTTCTTGCTCGCAAACATACAACGTGTTGTAGCTTGTCACACCGTTTCTATAGATTAGCTAATGAGTGTGCTCAAGTATTGAGTGAAATGGTCATGTGTGGCGGTTC ACTATATGTTAAACCAGGTGGAACCTCATCAGGAGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGTTTTTAACATTTGTCAAGCTGTCACGGCCAATGTTAATGCACTTTTATCTACTGATGGTAA CAAAATTGCCGATAAGTATGTCCGCAATTTACAACACAGACTTTATGAGTGTCTCTATAGAAATAGAGATGTTGACACAGACTTTGTGAATGAGTTTTACGCATATTTGCGTAAACATTTCTC AATGATGATACTCTCTGACGATGCTGTTGTGTGTTTCAATAGCACTTATGCATCTCAAGGTCTAGTGGCTAGCATAAAGAACTTTAAGTCAGTTCTTTATTATCAAAACAATGTTTTTATGTC TGAAGCAAAATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCATGAATTTTGCTCTCAACATACAATGCTAGTTAAACAGGGTGATGATTATGTGTACCTTCCTTACCCAGATCCATCAAG AATCCTAGGGGCCGGCTGTTTTGTAGATGATATCGTAAAAACAGATGGTACACTTATGATTGAACGGTTCGTGTCTTTAGCTATAGATGCTTACCCACTTACTAAACATCCTAATCAGGAGTA TGCTGATGTCTTTCATTTGTACTTACAATACATAAGAAAGCTACATGATGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACTTCAAGGTATTGGGAACC TGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAG |
|
